FIMO输出HTML是否保留切片信息？

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FIMO默认HTML不包含基因组坐标信息，其Start/Stop为相对于FASTA序列的偏移量；需通过格式化FASTA header、使用--text参数及脚本解析才能获得绝对坐标BED文件。

FIMO输出HTML是否包含切片（motif occurrence）坐标信息

不会。FIMO默认生成的HTML报告是纯可视化摘要，fimo.html 里只有表格形式的匹配结果概览（如序列ID、p值、q值、匹配序列），**不保留原始BED/GFF风格的染色体坐标、起止位置、链方向等切片定位信息**。它本质上是把TSV结果做了前端渲染，底层未嵌入基因组上下文。

如何让FIMO输出带基因组坐标的可查切片数据

关键在输入和参数：FIMO本身不解析FASTA header里的坐标，必须提前把序列ID格式化为标准基因组定位标识（如 chr1:1000-2000(+)），并配合 --bgfile 和正确设置 --max-stored-scores（避免截断）：

• 输入FASTA必须用基因组坐标命名：每条record的header写成 >chr1:12345-12400(+) 或 >chr2:50000-50100(-)
• 运行时加 --text 参数（否则HTML只显示前100条，且无完整坐标字段）
• 若需BED输出供IGV加载，直接用 fimo --oc output_dir --text motif.meme input.fa，再从 output_dir/fimo.tsv 提取列：第1列（序列ID）解析出染色体/范围/链，第3–4列是匹配在该序列内的相对起止，需自行换算为绝对坐标

FIMO HTML里“Start”和“Stop”字段到底指什么

它们是**相对于输入FASTA每条record的起始偏移量**，不是基因组绝对坐标。例如某record是 >chr3:100000-101000，长度1000bp，FIMO报告 Start: 23 Stop: 37，真实基因组位置就是 chr3:100023-100037（正链）或反向互补计算（负链）。这个换算必须手动或脚本完成，HTML本身不提供自动解析。

常见错误：直接把HTML表格里的 Start/Stop 当作染色体坐标导入UCSC Genome Browser——会全部错位。

替代方案：用MEME Suite自带工具补全切片元数据

如果已生成HTML但缺失坐标，别重跑FIMO。可用 fasta-get-markov 配合自定义脚本提取FASTA header中的位置，再merge到 fimo.tsv：

• 用 grep "^>" input.fa | awk -F'[:-()]' '{print $1,$2,$3,$4}' 提前解析header生成映射表
• 用 awk 'NR==FNR{h[$1]=$2"\t"$3"\t"$4;next} $1 in h{print h[$1], $0}' header_map.tsv fimo.tsv 合并
• 最终导出为BED4（chr, start, end, name）即可直连浏览器轨道

真正容易被忽略的是：FIMO的HTML是“结果快照”，不是分析终点；所有下游定位、可视化、富集分析，都得回到TSV/BED这类结构化文本，而不是依赖HTML页面显示的内容。

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